Команда:
sudo cp -ax /media/hdd/ /media/ssd/
копирует папку hdd, команда:
sudo cp -ax /media/hdd/* /media/ssd/
копирует файлы и подпапки папки hdd.
Использовать:
shopt -s dotglob
для просмотра точечных файлов.
rsync -az -H --delete --numeric-ids /media/hdd/ /media/ssd/