Вы должны войти в папку, которую хотите добавить, а затем нажать Ctrl + D, в отличие от всех других файловых менеджеров на земле.
Пожалуйста, примените принцип наименьшего удивления здесь и вернитесь к чему-то нормальному. Вы можете удалить их, комментируя соответствующие строки в ~/.config/user-dirs.dirs.
Источник: blog post принцип наименьшего удивления (2012-05-05)