Если порядок строк не имеет значения, используйте awk или perl:
awk '{seen[$0]++} END {for (i in seen) {if (seen[i] == 1) {print i}}}' 1.csv 2.csv
Используйте grep, чтобы получить общие линии и отфильтровать эти строки out:
grep -hxvFf <(grep -Fxf 1.csv 2.csv) 1.csv 2.csv
Внутренний grep получает общие строки, тогда внешняя grep находит строки, которые не соответствуют этим общим строкам.