1.create *.desktop файл в /usr/share/applications/
gksudo gedit /usr/share/applications/give-any-name.desktop
2.Вставить текст ниже
[Desktop Entry]
Type=Application
Terminal=false
Icon=/path/to/icon/icon.png
Name=give-name-here
Exec=/path/to/file/executable
Categories=Utility;
Дать Name= как вы хотите.
Что касается Icon= и Exec=, используйте либо полный путь, либо «системное» имя. Например, значок видеопроигрывателя VLC является либо /usr/share/icons/hicolor/48x48/apps/vlc.png, либо просто vlc (без расширения .png!)
Для Categories обратитесь к списку стандартов XDG