У меня была аналогичная проблема, в то время как transferim gnome-terminal settings с одной машины на другую.
Мое решение было копировать связанные файлы, а затем убить gonfd-2 daemon
cp -r /tmp/backup/.gconf/apps/gnome-terminal/ ~/.gconf/apps/
killall gconfd-2
Если вы не убиваете gconfd-2, изменения не применяются до выхода из системы.