У меня была эта же проблема, и для меня это были логфайлы InnoDB, которые отличались от ожиданий mysql, и молчали во время обновления.
У меня был пользовательский файл конфигурации, который был уничтожен на обновить до 12.04, чтобы установить размер файла журнала на что-то другое, кроме конфигурации по умолчанию.
Вам нужно удалить файлы: / var / lib / mysql / ib_logfile *
После файлы исчезли, mysql теперь может запускать и создавать свежие файлы журналов по умолчанию.