запустить командный файл при запуске с помощью ubuntu

Не нужно переустанавливать вообще. Вы можете просто скопировать установленную операционную систему на другой диск и загрузить ее. Если два диска имеют одинаковый размер, это очень просто:

sudo dd if=/dev/disk1 of=/dev/disk2

Это сделает disk2 клоном disk1, что означает, что разделы и все будут скопированы. Когда копия закончена, вы можете загрузиться с внешнего диска и иметь все, что у вас было.

Если ваш компьютер поддерживает аппаратную виртуализацию, вы также можете установить kvm - возможно, с virt-manager в качестве графического интерфейса - и использовать внешний диск в качестве диска для виртуальной машины.