Есть ли сценарий запуска для Jenkins?

Вероятно, лучше использовать встроенное решение, такое как eCryptFS или LUKS. Для объяснения об использовании eCryptFS см. Сайты, на которые указывает Хорхе.

Шифрование LUKS легко настроить с помощью утилиты GNOME Disk Utility; просто отметьте флажок шифрования в нижней части диалогового окна «format partition»:

Различие между ними заключается в том, что eCryptFS шифрует файлы (включая имена файлов), а LUKS шифрует полный раздел под уровнем файловой системы.