Как восстановить удаленные файлы из zip-архива?

Официальный способ обновления Ubuntu из командной строки предназначен для работы так, как вы хотите: он должен только обновлять пакеты, которые у вас уже есть в системе.

Если он устанавливает новую пакетов, это связано с тем, что некоторые обновленные пакеты имеют новые зависимости. Это особенно относится к пакету ubuntu-desktop, который будет зависеть от всех новых приложений по умолчанию. Я сомневаюсь, что вы установили ubuntu-desktop, хотя вы установили версию сервера.