Используя system, например:
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
int main() {
system("/bin/ls -la");
}
или
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
int main() {
system("sudo shutdown");
}
Пример
% gcc foo.cpp
% ./a.out
[sudo] password for aboettger:
% cat foo.cpp
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
int main() {
system("sudo shutdown");
}