Как отключить список ярлыков клавиш при удерживании супер ключа?

Зависит от того, какой орфолог вы используете с Kile. AFAIK, это очень модульно в этом отношении.

Чтобы отредактировать его (или посмотреть, что он настроил), вам нужно kcontrol. Установите его, если у вас его нет. Запустите его, а затем перейдите к KDE Components -> Spell Checker и посмотрите, что это за настройка.

Я думаю, что по умолчанию ASpell (возможно, изменился), и вы можете редактировать его словарь, запустив:

nano `aspell config personal-path`