Я выяснил проблему: должен быть установлен пакет gnome-contacts.
И связь работает по-разному. Когда вы выбираете «Информация» в контекстном меню, открываются контакты Gnome, где вы можете связать контакты с тем же именем, что затем создает метаконтакт в Empathy.