Для этого есть много инструментов, вот несколько из них с графическим интерфейсом:
xxdiff Meld * beediff KDiff3 * Diffuse * fldiff *Все они делают почти то же самое но первые два, возможно, предлагают лучший пользовательский интерфейс. Те, у кого есть звездочка, доступны в Центре программного обеспечения.