Y PPA Manager поставляется с инструментом командной строки под названием update-ppa, который позволяет вам обновлять один PPA.
Например:
sudo update-ppa ppa:nilarimogard/webupd8
Кроме того, при добавлении PPA через Y PPA Manager, источник PPA автоматически обновляется (только для этого PPA). В будущей версии появится графический интерфейс для ручного обновления отдельных PPA.
Подробнее о Y PPA Manager, ЗДЕСЬ.