Compiz и Metacity - это как компоновщики оконных менеджеров. Это не может сосуществовать - вы можете иметь только один или другой.
На самом деле ваша проблема в том, что вам не хватает оконных украшений с помощью compiz. Можете ли вы опубликовать вывод compiz --replace? Я не знаю достаточно, чтобы помочь вам здесь, но, возможно, кто-то другой. Также объясните, что именно вы делали, когда декорации исчезли.