Вино может использовать некоторые родные DLL, но в целом вы не хотите делать это превентивно. Винные встроенные библиотеки часто работают, и в некоторых случаях родные (из Windows) версии не работают, когда используются на их месте.
Тем не менее, бывают случаи, когда собственные DLL-приложения будут запускать приложение, однако в таких ситуациях обычно используется определенная команда winetricks, которая будет работать лучше. Если вы действительно не вникаете в Wine и не хотите отлаживать определенные проблемы, заменяя собственные DLL-файлы, лучше всего просто оставить свою установку Windows отдельно, если вы не получите в противном случае конкретные инструкции.