Usb-модем (huawei) автоматически отключается на малине PI 3 через некоторое время

Это ничем не отличается от управления любым другим разделом подкачки:

Используйте swapoff mdX, чтобы удалить его из рассмотрения для использования подкачки.

Затем используйте mdadm, чтобы взять этот массив а затем удалите его. man mdadm,

и программный RAID HOWTO очень понятны в этих административных задачах.