Самый простой способ очистки - запустить это в терминале:
sudo apt-get clean
Если вы хотите, вы можете установить и запустить Bleachbit. Это кажется довольно эффективным из того, что я читал, но это может быть просто то же самое, что вы можете сделать вручную. Он просто помещает все флажки в одном месте.