У меня была эта проблема и она была решена.
Вот ссылка на мой ответ по другому вопросу:
https://askubuntu.com/a/126542/56649
В соответствии с man-страницей вы можете использовать rdesktop -K. Это отправляет все ярлыки диспетчера окон в Ubuntu, а не только в «рабочую область коммутатора». В зависимости от ваших потребностей, это может сработать для вас.