Проблема была в файле /usr/share/gnome-session/sessions/gnome-classic.session в ключе RequiredProviders в параметре notifications
Этот параметр приводит к сбою загрузки gnome-classic (у которого есть менеджер окон gnome-wm), а система пытается для загрузки gnome-fallback (которые имеют оконный менеджер metacity). Я удаляю параметр notifications из RequiredProviders, а моя gnome-classic теперь загружается с compiz (gnome-wm загружает compiz).
Полную историю решения этой проблемы на русском языке: http://forum.ubuntu.ru/index.php?topic=170434.0