Я не знаю, настраивается ли это, но это по дизайну: https://bugs.launchpad.net/unity/+bug/959339. Окно, которое выведено на передний план, является самым последним сфокусированным.
Обычный способ перемещения окна с Linux (Gnome?) заключается в использовании Alt + щелчок левой кнопкой мыши. До тех пор, пока я помню, это было довольно стандартно. Alt + Middle-click resizes.
Я просто попробовал его с 12.04 Unity, и он не работал со стандартной установкой (в VM для тестирования), но alt + middle-click по-прежнему работает для изменения размера .
В комбинации клавиш быстрого доступа Alt + F7 имеется «режим окна перемещения», который не так удобен, но будет работать в крайнем случае.