Ubuntu не отключается

Я предлагаю использовать awk в режиме абзаца, например

awk 'NR==FNR {
       sub(/_[^_]*$/,"",$1); a[$1]++; next
     } 
     {
       for (x in a) {
         if ($0 ~ "PDB; "x) {print; break;}
       }
     }' file2 RS= file1

Пример:

$ awk 'NR==FNR {sub(/_[^_]*$/,"",$1); a[$1]++; next} {for (x in a) {if ($0 ~ "PDB; "x) {print; break;}}}' file2 RS= file1
3LKB_BUNMU  Bungarus multicinctus   P01398  PDB; 1KBA; X-ray; 2.30 A; A/B=22-87.
                                            PDB; 2NBT; NMR; -; A/B=22-87.
3NOJ_BUNCA  Bungarus candidus   P81782  PDB; 1F94; X-ray; 0.97 A; A=1-63.
                                        PDB; 1IJC; NMR; -; A=1-63. 

Если вы хотите, чтобы пустая line после каждого блока, вы можете изменить {print; break;} на {print $0"\n"; break;} или {printf "%s\n\n", $0; break}, хотя обратите внимание, что после последней записи будет добавлена ​​конечная пустая строка, где, возможно, не было одной из них - если у вас есть GNU awk (gawk ]), вы можете избежать этого, обратившись к специальной переменной RT, которая содержит фактический разделитель для каждой записи, т.е. {printf "%s%s", $0, RT; break;}