Я обнаружил, что виновником является, по сути, /usr/share/gnome-session/sessions/xmonad.session или эквивалентный файл.

Создайте или отредактируйте файл /usr/share/gnome-session/sessions/xmonad.session как:

[GNOME Session]
Name=Xmonad/GNOME
RequiredComponents=gnome-settings-daemon;
RequiredProviders=windowmanager;
DefaultProvider-windowmanager=xmonad
DesktopName=Unity

важная строка - последняя. DesktopName должно иметь значение Unity, даже если вы его не используете.

Также создайте или отредактируйте /usr/share/xsessions/gnome-xmonad.desktop на следующее:

[Desktop Entry]
Name=GNOME with Xmonad
Comment=A GNOME fallback mode session using xmonad as the window manager.
Exec=gnome-session --session=xmonad
TryExec=gnome-session
Icon=
Type=Application

При входе в систему , выберите must из раскрывающегося списка сеанса.

Все, включая темы, фон рабочего стола и другие второстепенные вещи, должно работать так, как ожидалось.

Изменить: если это похоже, не работает, запустите gnome-session-properties (Startup Applications) и добавьте gnome-settings-daemon в список. (Это маловероятно, но это стоит попробовать.)

Обновить

Для более новых версий Ubuntu попробуйте следующее для /usr/share/ghome-session/sessions/xmonad.session:

[GNOME Session]
Name=Xmonad/GNOME
RequiredComponents=gnome-settings-daemon;gnome-panel;
RequiredProviders=windowmanager;panel;
DefaultProvider-windowmanager=xmonad
DefaultProvider-panel=unity-2d-panel

Если первое не работает, я не уверен, что это тоже произойдет, но я все равно попробую.