соединение отказалось на localhost 25 (apache James)

Это известная ошибка bamf (библиотека соответствия окон ubuntu).

В настоящее время я не знаю обходного пути для значка emacs в панели запуска, но могу вам сказать, что когда вы запускаете emacs из командной строки, вы получаете значок рабочего запуска для текущего сеанса (стрелки , фокус и т. д.).