Это известная проблема, которая возникает, когда вы используете составной менеджер (Unity 3D, Gnome with Compiz ...), а сайт со встроенной Flash имеет полосы прокрутки.
Чтобы сделать окно настроек чувствительным, вам нужно использовать полноэкранный. Например, перейдите на видеоролик YouTube, переключите его в полноэкранный режим и затем откройте «Настройки» (это может занять две или более попытки, прежде чем окно действительно откроется).