Вставка нового столбца с отдельными строками сохранения символов определенной длины

Question 1

Мне нужно вставить столбец после четвертого столбца с символом «A».

Каждая строка должна иметь ровно 80 символов (включая пробелы) перед новой строкой; если нет, мы можем добавить пробелы для выравнивания. Мне нужно сделать это для большого количества файлов.

Пример представления одного файла:

До:

ATOM    558  O   VAL    86     -12.863  -8.701 -49.495  1.00 64.57           O
ATOM    560  CA  VAL    87     -13.628 -10.486 -47.550  1.00 58.11           C 
.....
.....
.....

После:

ATOM    558  O   VAL A  86     -12.863  -8.701 -49.495  1.00 64.57           O  
ATOM    560  CA  VAL A  87     -13.628 -10.486 -47.550  1.00 58.11           C  
.......
.......

Question 2

Использование perl:

perl  -lane '$"="\t"; print sprintf("%-80s", "@F[0..3]\tA\t@F[4..10]");' file

Выход:

ATOM    558     O       VAL     A       86      -12.863 -8.701  -49.495 1.00    64.57   O                         
ATOM    560     CA      VAL     A       87      -13.628 -10.486 -47.550 1.00    58.11   C

Чтобы проверить, что длина точно равна «80», передайте вывод на awk '{ print length($0), "->", $0 }':

$ perl ... | awk '{ print length($0), "->", $0 }'
80 -> ATOM      558     O       VAL     A       86      -12.863 -8.701  -49.495 1.00    64.57   O                         
80 -> ATOM      560     CA      VAL     A       87      -13.628 -10.486 -47.550 1.00    58.11   C

Question 3

Question 4

Возможно, вы можете просто заменить одно пространство в столбце 5?

$ sed 's/  / A/5' file
ATOM    558  O   VAL A  86     -12.863  -8.701 -49.495  1.00 64.57           O
ATOM    560  CA  VAL A  87     -13.628 -10.486 -47.550  1.00 58.11           C

Вы можете передать несколько имен файлов в sed, просто используйте оболочку glob, например *.txt, или что-нибудь, что поймает файлы, которые вы

Используйте флаг -i после тестирования, чтобы изменить файлы.

Это не изменит символы в строке ... Если вам нужно проложить строки до 80 символов, вы можете использовать что-то вроде

sed 's/  / A/5' file | awk '{printf "%-80s\n", $0}'

Question 5

Использование perl:

perl  -lane '$"="\t"; print sprintf("%-80s", "@F[0..3]\tA\t@F[4..10]");' file

Выход:

ATOM    558     O       VAL     A       86      -12.863 -8.701  -49.495 1.00    64.57   O                         
ATOM    560     CA      VAL     A       87      -13.628 -10.486 -47.550 1.00    58.11   C

Чтобы проверить, что длина точно равна «80», передайте вывод на awk '{ print length($0), "->", $0 }':

$ perl ... | awk '{ print length($0), "->", $0 }'
80 -> ATOM      558     O       VAL     A       86      -12.863 -8.701  -49.495 1.00    64.57   O                         
80 -> ATOM      560     CA      VAL     A       87      -13.628 -10.486 -47.550 1.00    58.11   C

Question 6

Возможно, вы можете просто заменить одно пространство в столбце 5?

$ sed 's/  / A/5' file
ATOM    558  O   VAL A  86     -12.863  -8.701 -49.495  1.00 64.57           O
ATOM    560  CA  VAL A  87     -13.628 -10.486 -47.550  1.00 58.11           C

Вы можете передать несколько имен файлов в sed, просто используйте оболочку glob, например *.txt, или что-нибудь, что поймает файлы, которые вы

Используйте флаг -i после тестирования, чтобы изменить файлы.

Это не изменит символы в строке ... Если вам нужно проложить строки до 80 символов, вы можете использовать что-то вроде

sed 's/  / A/5' file | awk '{printf "%-80s\n", $0}'

Ravexina · Answer 1 · 18 July 2018 в 08:16

Использование perl:

perl  -lane '$"="\t"; print sprintf("%-80s", "@F[0..3]\tA\t@F[4..10]");' file

Выход:

ATOM    558     O       VAL     A       86      -12.863 -8.701  -49.495 1.00    64.57   O                         
ATOM    560     CA      VAL     A       87      -13.628 -10.486 -47.550 1.00    58.11   C

Чтобы проверить, что длина точно равна «80», передайте вывод на awk '{ print length($0), "->", $0 }':

$ perl ... | awk '{ print length($0), "->", $0 }'
80 -> ATOM      558     O       VAL     A       86      -12.863 -8.701  -49.495 1.00    64.57   O                         
80 -> ATOM      560     CA      VAL     A       87      -13.628 -10.486 -47.550 1.00    58.11   C

Zanna · Answer 2 · 18 July 2018 в 08:16

Возможно, вы можете просто заменить одно пространство в столбце 5?

$ sed 's/  / A/5' file
ATOM    558  O   VAL A  86     -12.863  -8.701 -49.495  1.00 64.57           O
ATOM    560  CA  VAL A  87     -13.628 -10.486 -47.550  1.00 58.11           C

Вы можете передать несколько имен файлов в sed, просто используйте оболочку glob, например *.txt, или что-нибудь, что поймает файлы, которые вы

Используйте флаг -i после тестирования, чтобы изменить файлы.

Это не изменит символы в строке ... Если вам нужно проложить строки до 80 символов, вы можете использовать что-то вроде

sed 's/  / A/5' file | awk '{printf "%-80s\n", $0}'

Ravexina · Answer 3 · 24 July 2018 в 19:03

Использование perl:

perl  -lane '$"="\t"; print sprintf("%-80s", "@F[0..3]\tA\t@F[4..10]");' file

Выход:

ATOM    558     O       VAL     A       86      -12.863 -8.701  -49.495 1.00    64.57   O                         
ATOM    560     CA      VAL     A       87      -13.628 -10.486 -47.550 1.00    58.11   C

Чтобы проверить, что длина точно равна «80», передайте вывод на awk '{ print length($0), "->", $0 }':

$ perl ... | awk '{ print length($0), "->", $0 }'
80 -> ATOM      558     O       VAL     A       86      -12.863 -8.701  -49.495 1.00    64.57   O                         
80 -> ATOM      560     CA      VAL     A       87      -13.628 -10.486 -47.550 1.00    58.11   C

Zanna · Answer 4 · 24 July 2018 в 19:03

Возможно, вы можете просто заменить одно пространство в столбце 5?

$ sed 's/  / A/5' file
ATOM    558  O   VAL A  86     -12.863  -8.701 -49.495  1.00 64.57           O
ATOM    560  CA  VAL A  87     -13.628 -10.486 -47.550  1.00 58.11           C

Вы можете передать несколько имен файлов в sed, просто используйте оболочку glob, например *.txt, или что-нибудь, что поймает файлы, которые вы

Используйте флаг -i после тестирования, чтобы изменить файлы.

Это не изменит символы в строке ... Если вам нужно проложить строки до 80 символов, вы можете использовать что-то вроде

sed 's/  / A/5' file | awk '{printf "%-80s\n", $0}'

4

ответ дан Zanna 24 July 2018 в 19:03

1

его работа, но мы должны проверить, каждая строка состоит из 80 символов, включая пространство. Теперь его всего 78 символов. Как я могу сделать это для более чем lakh-файла, состоящего в папке за раз. Как вставить в цикл? Я просто баллотировался на один файл. – Nitha 19 August 2017 в 12:38
2

он не работает должным образом. его производящая новая линия между каждой строкой и столбцом A встречается только в определенном столбце. ATOM 585 CA GLY A 90 -13.860 -10.427 -52.700 1.00 25.12 C ATOM 587 O GLY A 90 -14.834 -12.085 -54.087 1.00 25.12 O ATOM 600 ND1 ЕЕ A93 -13.292 -11.141 -58.744 1.00 46.53 N ATOM 601 CG ЕГО A 93 -13.920 -10.048 -58.188 1.00 46.53 C – Nitha 19 August 2017 в 12:48

Вставка нового столбца с отдельными строками сохранения символов определенной длины

4 ответа

Другие вопросы по тегам:

Похожие вопросы: