Следующие действия работали для меня на Ubuntu 14.04:
dconf write /org/gnome/gnome-session/auto-save-session true
Значение изменилось и осталось после перезагрузки. У меня возникла еще одна проблема: окна не были сохранены, но это совсем другая проблема.
После удаления AppArmor серверу потребовался перезапуск.
После удаления AppArmor серверу потребовался перезапуск.