Подробные ответы очень хорошие, но (помимо программного обеспечения, которое может иметь жестко закодированные абсолютные пути в нем - не лучшая практика программирования), главное, что несистемное / нераспространенное программное обеспечение не следует хранить смешанным

Помещение вещей в /opt или /usr/local сохраняет чистоту и безопасность.

В частности, ваш путь поиска программного обеспечения ($ PATH) определяет порядок поиска мест при поиске программы для определенного имени. Обычно места, такие как /opt и /usr/local, находятся ближе к концу списка.

Если вы устанавливаете пакет с программой с именем cp в нем, то порядок поиска по умолчанию, который поставляется с вашим distro найдет нормальный, потому что каталог, в котором он хранится, выполняется поиск до таких мест, как /opt.

Если это не сработало, кто знает, что может сломать или открыть отверстие безопасности, если программа с именем cp, которая делает что-то еще, запускается, когда вы думаете, что пытаетесь скопировать некоторые файлы.

Если что-то вроде этого происходит, может потребоваться некоторое время, прежде чем кто-нибудь подумает запустить команду вроде type cp (чего может быть недостаточно, чтобы показать, что что-то не так), чтобы узнать, что то, что выполняется, не то, что вы думаете. До этого момента вы застряли в «Все точно так, как должно быть в стороне от мелких деталей, что это не сработает!»

В основном это помогает избежать неожиданных событий, а также позволяет избежать ситуаций, когда обновления системы могут удалять или заменять некоторые или все ваши «настраиваемые» установленные пакеты. Или, наоборот, некоторые «настраиваемые» программы могут перезаписывать системные программы, на которые могут положиться многие другие программы или скрипты.

С административной точки зрения, смешивая «системные» и «необязательные» программы / файлы в этих местах размещает вашу систему в «неопределенном» или, по крайней мере, «двусмысленном» состоянии.

Если у вас есть проблемы с вашей системой или программой и вам нужна помощь, один из первых задаваемых вопросов «Что ты изменил?» и «Можем ли мы временно отключить некоторые из этих изменений, чтобы мы знали, что мы рассматриваем реальную проблему, а не просто симптом чего-то другого».

В отдельных местах эти изменения могут быть быстро идентифицированы и все, что вам нужно сделать (по крайней мере для самих программ), временно удаляет их каталоги с пути.