Объединение файлов с использованием общего столбца (с использованием awk) [dубликат]
У меня есть два текстовых файла:
file 1:
#CHROM POS ID REF ALT
1 61442 rs2531261 A G
1 924629 rs28622096 A G,T
1 974662 rs2465135 G T
1 995481 rs9442393 T G
file 2
#CHROM POS ID REF ALT FORMAT
1 61442 rs2531261 A G GT:GL:GQ:DP:CGA_RDP:EHQ:HQ:CGA_CEGL:PS:CGA_CEHQ:AD
1 924629 rs28622096 A G,T GT:GL:GQ:DP:CGA_RDP:EHQ:HQ:CGA_CEGL:PS:CGA_CEHQ:AD
1 974662 rs2465135 G T GT:GL:GQ:DP:CGA_RDP:EHQ:HQ:CGA_CEGL:PS:CGA_CEHQ:AD
1 987909 rs34235844 G GTG GT:GL:GQ:DP:CGA_RDP:EHQ:HQ:CGA_CEGL:PS:CGA_CEHQ:AD
1 995481 rs9442393 T G GT:GL:GQ:DP:CGA_RDP:EHQ:HQ:CGA_CEGL:PS:CGA_CEHQ:AD
Я хотел бы объединить файлы на основе столбец 3 (ID). Мой выходной файл должен:
output:
#CHROM POS ID REF ALT FORMAT
1 61442 rs2531261 A G GT:GL:GQ:DP:CGA_RDP:EHQ:HQ:CGA_CEGL:PS:CGA_CEHQ:AD
1 924629 rs28622096 A G,T GT:GL:GQ:DP:CGA_RDP:EHQ:HQ:CGA_CEGL:PS:CGA_CEHQ:AD
1 974662 rs2465135 G T GT:GL:GQ:DP:CGA_RDP:EHQ:HQ:CGA_CEGL:PS:CGA_CEHQ:AD
1 995481 rs9442393 T G GT:GL:GQ:DP:CGA_RDP:EHQ:HQ:CGA_CEGL:PS:CGA_CEHQ:AD
Я хочу использовать awk.
0
задан Zanna
2 February 2018 в 00:04
поделиться
2 ответа
Похоже, вы хотите фильтровать файл2 на основе идентификаторов в файле 1 (а не объединять файлы):
$ awk 'NR==FNR {a[$3] = 1; next} $3 in a' file1 file2
#CHROM POS ID REF ALT FORMAT
1 61442 rs2531261 A G GT:GL:GQ:DP:CGA_RDP:EHQ:HQ:CGA_CEGL:PS:CGA_CEHQ:AD
1 924629 rs28622096 A G,T GT:GL:GQ:DP:CGA_RDP:EHQ:HQ:CGA_CEGL:PS:CGA_CEHQ:AD
1 974662 rs2465135 G T GT:GL:GQ:DP:CGA_RDP:EHQ:HQ:CGA_CEGL:PS:CGA_CEHQ:AD
1 995481 rs9442393 T G GT:GL:GQ:DP:CGA_RDP:EHQ:HQ:CGA_CEGL:PS:CGA_CEHQ:AD
2
ответ дан steeldriver
17 July 2018 в 21:44
поделиться
Похоже, вы хотите фильтровать файл2 на основе идентификаторов в файле 1 (а не объединять файлы):
$ awk 'NR==FNR {a[$3] = 1; next} $3 in a' file1 file2
#CHROM POS ID REF ALT FORMAT
1 61442 rs2531261 A G GT:GL:GQ:DP:CGA_RDP:EHQ:HQ:CGA_CEGL:PS:CGA_CEHQ:AD
1 924629 rs28622096 A G,T GT:GL:GQ:DP:CGA_RDP:EHQ:HQ:CGA_CEGL:PS:CGA_CEHQ:AD
1 974662 rs2465135 G T GT:GL:GQ:DP:CGA_RDP:EHQ:HQ:CGA_CEGL:PS:CGA_CEHQ:AD
1 995481 rs9442393 T G GT:GL:GQ:DP:CGA_RDP:EHQ:HQ:CGA_CEGL:PS:CGA_CEHQ:AD
2
ответ дан steeldriver
23 July 2018 в 22:21
поделиться