Ваша проблема может быть не совсем в программном центре, она не справляется, и если проблема в уровне настроек, она не будет возвращаться при обновлении приложения, скорее всего вы удалите проблемное приложение, но вместо apt-get remove вы будете должны использовать apt-get purge, который также удалит файлы конфигурации с вашего компьютера, вам придется переустановить приложение, и это должно решить проблему