Запустить двоичный файл на apache2
У меня есть сценарий CGI, который я запускаю на Apache 2. Он состоит из нескольких внешних команд, среди которых есть одна команда signalp:
./signalp -t -m mature.fsa -euk -f all input.fsa > output.fsa
Signalp - это Perl-скрипт, который использует FASTA .pm присутствует в /usr/local/bin/signalp-4.1/lib, а бинарная системная архитектура, т. е. nnhowplayer.platform_architecture,, которая для моей системы nnhowplayer.Linux_x86_64 and it is located in /usr/local/bin/signalp-4.1/bin.
Проблема в том, что когда я запускаю эту команду в своей системе, она работает нормально, но всякий раз, когда я пытаюсь запустить ее на сервере apache 2, она дает следующую ошибку:
File /usr/local/bin/signalp-4.1/bin/nnhowplayer. cannot be found.
2 ответа
Выполнение команд из Интернета не отличается от запуска их из системы. Основным виновником расхождений являются переменные среды и пути.
Проверьте переменные и путь между ними (выполняется из системы и выполняется с Apache2) и исправьте несоответствие.
variables
Создайте простой скрипт, чтобы показать вашу среду:
/usr/local/bin/set.sh
#!/bin/bash
set
Запустите его в Интернете либо с помощью PHP или Perl:
Запустите его в Интернете либо с помощью PHP или Perl:
#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
print "\n\n";
print system("/usr/local/bin/set.sh");
Использование PHP:
<html>
<head>
<title>PHP Test</title>
</head>
<body>
<pre>
<?php echo '<p>Hello World</p>';
system("/usr/local/bin/set.sh");
?>
</pre>
</body>
</html>
Лучшее место для запуска - убедиться, что у вас есть пути от вашего входа, включенные в путь программы, запущенной на Apache2.
В этом случае Apache2 сообщает об этом для пути:
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin
При запуске с терминала я получаю следующее:
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin:/usr/lib/jvm/java-8-oracle/bin:/usr/lib/jvm/java-8-oracle/db/bin:/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/bin
Если вы тестируете добавление всех переменных пути к вашему веб-экземпляру во время запуска программы, вы должны получить те же результаты, что и вы получаете, когда запускаете его с терминала. После того, как вы его запустили, вы можете систематически обрезать элементы пути, которые вам не нужны, например /usr/games, /usr/local/games и /snap/bin.
Выполнение команд из Интернета не отличается от запуска их из системы. Основным виновником расхождений являются переменные среды и пути.
Проверьте переменные и путь между ними (выполняется из системы и выполняется с Apache2) и исправьте несоответствие.
variables
Создайте простой скрипт, чтобы показать вашу среду:
/usr/local/bin/set.sh
#!/bin/bash
set
Запустите его в Интернете либо с помощью PHP или Perl:
Запустите его в Интернете либо с помощью PHP или Perl:
#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
print "\n\n";
print system("/usr/local/bin/set.sh");
Использование PHP:
<html>
<head>
<title>PHP Test</title>
</head>
<body>
<pre>
<?php echo '<p>Hello World</p>';
system("/usr/local/bin/set.sh");
?>
</pre>
</body>
</html>
Лучшее место для запуска - убедиться, что у вас есть пути от вашего входа, включенные в путь программы, запущенной на Apache2.
В этом случае Apache2 сообщает об этом для пути:
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin
При запуске с терминала я получаю следующее:
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin:/usr/lib/jvm/java-8-oracle/bin:/usr/lib/jvm/java-8-oracle/db/bin:/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/bin
Если вы тестируете добавление всех переменных пути к вашему веб-экземпляру во время запуска программы, вы должны получить те же результаты, что и вы получаете, когда запускаете его с терминала. После того, как вы его запустили, вы можете систематически обрезать элементы пути, которые вам не нужны, например /usr/games, /usr/local/games и /snap/bin.
-
1Я попытался запустить его с помощью Perl, он говорит: Нет такого файла или каталога: exec из '/usr/lib/cgi-bin/set.cgi не удалось – user8392790 17 May 2018 в 05:44
-
2Как вы пытались запустить скрипт Perl? На всякий случай, если у вас возникли проблемы с настройкой Apache для запуска скриптов Perl, я также представил пример PHP. Что вы получили для пути при запуске PHP-скрипта из Apache2? – L. D. James 17 May 2018 в 05:50
-
3Я думаю, что нет проблем с запуском perl-скриптов на apache, потому что другие скрипты работают нормально. Я запустил этот скрипт как cgi из папки cgi-bin и дал ошибку, упомянутую выше. – user8392790 17 May 2018 в 06:14
-
4Каким методом вы пытались запустить Perl-скрипт в Интернете? Каков результат запуска скрипта Perl в автономном режиме? Поскольку в скрипте нет каких-либо специальных переменных среды, он должен давать тот же вывод в Интернете, что и в автономном режиме. – L. D. James 17 May 2018 в 06:17
-
5Я не понимаю, что вы подразумеваете под этим методом. Я сохранил файл perl как set.cgi в моей папке cgi-bin и set.pl, запущен на apache и терминале соответственно. Но при запуске на apache он дает ошибку при работе на терминале. – user8392790 17 May 2018 в 06:21