Эмблемы были удалены из Nautilus в версии 3.0. Существует обходной путь, состоящий в использовании python-nautilus и проекта https://github.com/allefant/Nautilus-Emblems-Menu-Extension, который добавляет параметр Emblems в контекстное меню.
Follow инструкции здесь https://github.com/allefant/Nautilus-Emblems-Menu-Extension