Это нормальный файл, поэтому вы можете cp создать резервную копию
sudo cp /etc/mysql/my.cnf /etc/mysql/my.cnf.backup
и восстановить его
sudo cp /etc/mysql/my.cnf.backup /etc/mysql/my.cnf
Вы можете использовать любое имя файла и путь, который вы хотите вместо /etc/mysql/my.cnf.backup