Очень легко использовать разные места для ваших каталогов Wine. Они называются префиксами Wine. Если вы выполните:
export WINEPREFIX=/some/path
winecfg
Затем winecfg будет использовать /some/path вместо ~/.wine.
. Отдельные префиксы для приложений, которые вы запускаете под Wine, - это не только просто, но рекомендуется, так как для разных приложений могут потребоваться разные (и, возможно, конфликтующие) настройки.