Перейдите к ~/.config/Filezilla или ~/.filezilla.
Вам нужно нажать Ctrl + H, чтобы показать скрытые файлы, если это необходимо.
Затем откройте filezilla.xml с помощью текстового редактора .
Удалите тег Last local directory.
Сохраните файл снова и снова запустите filezilla.
Это работает для меня каждый раз.