У меня была такая же проблема. Я предположил, что возникла проблема с файлом filezilla.xml. Я перешел в /home/user/.config/Filezilla/, удалив старый файл filezilla.xml.
Затем вернулась в терминал и набрала «filezilla», чтобы открыть программу. Для меня это было прекрасно, и он создал новый файл xml по умолчанию в старом файле. Параметры менеджера сайта не зависят от этого, поскольку они находятся в другом файле с именем «sitemanager.xml», который находится в том же каталоге. Таким образом, программа открылась как новая новая программа с теми же параметрами sitemanager, что и раньше.