Если ответ user21580 не работает (большое предложение, но я думаю, что это не сработало для меня, когда я установил Indigo), вы можете попробовать добавить файл eclipse.desktop в ~/.local/share/applications/, с этим содержимым:
#!/usr/bin/env xdg-open
[Desktop Entry]
Version=1.0
Type=Application
Terminal=false
StartupNotify=true
Icon=<path-to-eclipse-install>/icon.xpm
Name=Eclipse Indigo 3.7
#Exec=env UBUNTU_MENUPROXY=0 <path-to-eclipse-install>/eclipse
Exec=env <path-to-eclipse-install>/eclipse
Если вы испытываете ошибки, вы можете попробовать строку Exec, которая закомментирована вместо текущей.
Ссылки:
Как я могу редактировать / создавать новые элементы запуска в Unity вручную?