Если вы не добавили JD PPA и хотите вручную удалить его, удалите эту папку:
~/.jdownloader
Кроме того, удалите также эти файлы:
/usr/bin/jdownloader
/usr/share/applications/jdownloader.desktop
/usr/share/doc/jdownloader/changelog.Debian.gz
/usr/share/doc/jdownloader/copyright
/usr/share/icons/hicolor/16x16/apps/jdownloader.png
/usr/share/icons/hicolor/22x22/apps/jdownloader.png
/usr/share/icons/hicolor/24x24/apps/jdownloader.png
/usr/share/icons/hicolor/32x32/apps/jdownloader.png
/usr/share/icons/hicolor/48x48/apps/jdownloader.png