Я думаю, что папка Ubuntu One имеет две цели:
1), как вы уже сказали, есть подпапка для обмена данными с другими
2) первая вы устанавливаете U1, и у вас есть 5 ГБ свободного места для использования, есть хотя бы одна папка, готовая к синхронизации, ничего не зная о системе U1