sudo apt-get install transset
Затем вы используете transset, чтобы интерактивно сделать окна прозрачными. Я не могу найти никакой помощи для этого, но я предполагаю, что есть возможность сценариев, чтобы почти автоматически отбить окна, которые вы хотите прозрачным.