Совсем нет.
Когда вы устанавливаете приложение, apt загружает нужный файл .deb, а затем совсем нет. его данные в вашу файловую систему. Однако файл .deb сохраняется, так что, например, если вы хотите переустановить это приложение, файл .deb будет уже загружен. Это означает, что вы можете безопасно очистить этот кеш с помощью apt-get clean, и это не повредит вашей системе и ни для приложений.
Таким образом вы можете освободить некоторое дисковое пространство.