Не важно, какой linux вы устанавливаете первым.
Тот, который вы устанавливаете второй, будет grub, который фактически используется. Всякий раз, когда выполняется update-grub, grub будет переустановлен.
В ubuntu это делается всякий раз, когда есть обновление ядра, и Fedora, вероятно, то же самое. Поэтому по умолчанию вы будете переключаться между установками grub, поскольку каждый дистрибутив обновляется (при условии, что вы используете их довольно часто)
Поскольку обе используют автоконфигурацию, это не большая сделка и будет только быть небольшим раздражением.
Пожалуйста, посмотрите мой вопрос, чтобы увидеть мои выводы по этой теме. Как выполнить двойную загрузку двух разных дистрибутивов Linux?