Используя sudo, по определению введите запрос пароля. Что вам нужно сделать, так это предоставить разрешения на выполнение для вашего пользователя. Я не уверен, где находится эта программа, но ради этого ответа предположим, что это /usr/bin/.
В терминальном прогоне это:
sudo chmod o+x /usr/bin/gddccontrol
Эта команда предоставляет другим пользователям (например, вы) право выполнять программу без необходимости разрешения.
Затем в файле .desktop просто используйте:
Exec=gddccontrol