Могу ли я безопасно отключать внешний HD при остановке машины?

Это просто подсказка: откройте синаптику и найдите r-cran или просто r-, есть r-recommended коллекция рекомендуемых пакетов GNU R [metapackage]. Я считаю, что это тот, который вы ищете.