Да, они будут, если вы перейдете с ручным разделением и отмените форматирование раздела /. Начиная с 8.04, была реализована и работает утилита Preserve Home Ubiquity (Ubuntu).
Таким образом, / home, / root и / srv будут сохранены, а остальные будут удалены. См. Также Ubiquity (установщик Ubuntu) Сохранить Home на форумах Ubuntu.