Если вы используете стандартный Ubuntu с рабочим столом Unity (не уверен в других средах рабочего стола, может быть похожим), просто щелкните правой кнопкой мыши на строке заголовка любого окна (это также работает для диалоговых окон, таких как диалог выполнения копирования) и включите Всегда сверху.