В последней версии (0.5.7) меню запуска было удалено, поскольку оно было дублирующей функцией приложения сеанса GNOME.
См. примечания к выпуску:
http://blog.ubuntu-tweak.com/2010/10/10/ubuntu-tweak-0-5-7-released-hello-ubuntu-maverick.html
Кроме того, вы могли бы попробуйте удалить ubuntu-tweak с помощью
sudo apt-get purge ubuntu-tweak
переустановить и посмотреть, работает ли он.
В противном случае вам следует рассмотреть отчет об ошибке.