Попробуйте
tr < {original_file} -d '\000' > {backupfile}
Источник: https://askubuntu.com/a/738854/600169
Кроме того, похоже, что zsh лучше справляется с этим, чем bash. Обычно это приводит к повреждению только одной строки. Я не могу найти конкретные источники для меньшей коррупции в zsh, но у нее есть лучшие возможности истории в целом.