У меня были аналогичные проблемы в прошлом. Я изменил swappiness ubuntu, чтобы OS быстрее записывал RAM в HD.
Прочитайте ответ на изменение swappiness здесь: Как настроить swappiness?
Я не могу гарантировать это помогает решить вашу проблему, но, на мой взгляд, это лучший выбор.