Это не отвечает на ваш вопрос напрямую, так как вы спрашиваете о gnome-терминале, но для полноты: konsole эмулятор терминала из KDE делает это так же просто, как File - Save Output As ... - который сохраняет все в буфере прокрутки терминала.
Также возможно установить количество строк, сохраненных в буфере прокрутки, неограниченно, поэтому это будет работать даже для очень длинного вывода.
Также есть опция «Очистить прокрутку» .
Вы можете легко установить консоль в Gnome, но это приведет к сокращению нескольких зависимостей KDE.